В конце 2005 - 2006 гг. Знаменская церковь преобразилась: крыша и кокошники покрылись медью, были отреставрированы главки и купола, восстановлены все 11 крестов. Без сомненья, храм стал одним из самых красивейших в Москве. Его уникальность не только в русском узорочье и многоглавии (11 куполов), но и во внутреннем устройстве. За время реставрации восстановлены арки, на старый фундамент вернулась апсида Всехсвятского придела. Реставрация ведется за счет благотворительных пожертвований, изыскиваемых руководством ГУВД.
В 2007 году основные работы по реставрации шли в Сергиевом приделе, но не прекращались также и на крыше главного четверика, на фасадах и колокольне. Началось изготовление иконостаса для Сергиева придела В 2007 году основные работы по реставрации шли в приделе преподобного Сергия Радонежского, был изготовлен иконостас для Сергиева придела, который установили в декабре 2008 года.
В феврале 2008 года начинаются работы по восстановлению уникальной живописи в Сергиевом приделе. Благотворители - Транскапиталбанк. Перечислены средства, необходимые для начала работ. Отслужен благодарственный молебен на начало доброго дела для художников - реставраторов. В феврале 2008 года Филатовскими реставрационными мастерскими (г. Москва) началось восстановление уникальной живописи в Сергиевом приделе, проводившееся по сохранившейся фотофиксации. В приделе преподобного Сергия Радонежского в 1914 году в стиле раннего русского модерна по эскизам и при участии М.В. Нестерова придел расписал его ученик Е.П. Пашков. Известное всем «Явление отроку Варфоломею» (фрагмент из жития преподобного Сергия Радонежского) заняло своё место на южной стене придела, в алтаре на Горнем месте находится «Сыне Единородный» В.М. Васнецова. Церковный модерн, прекративший своё развитие в связи с революцией 1917 года, встречается крайне редко. Поэтому придел преподобного Сергия имеет огромное значение не только для прихожан храма, но и для специалистов: художников, реставраторов, искусствоведов.
В июле в день Праздника Первоверховных апостолов Петра и Павла состоялось совещание по вопросам реставрации живописи Сергиева придела. На нём присутствовали представители УОКСа ГУВД по г. Москве и представители Транскапиталбанка. Обсуждались вопросы реставрации и дальнейшей сохранности живописи Сергиева придела.
В декабре привезли и за 3 дня в Сергиевом приделе установили иконостас. Он изготовлен на добровольно предложенные пожертвования нескольких благотворителей ЗАО «Росстайл» в лице Калинина Ивана Борисовича, Меклера Игоря Владимировича, Лейса Энтони и Попова Владимира Ивановича. Царские врата и иконы на дьяконские двери преподнесены в дар Храму в 1998 году Александром Липницким. В мастерских ООО «Домострой» (генеральный директор - Лаврентьев Алексей Николаевич) претворили мечту в реальность. Спаси, Господи, всех участников этого святого делания!
